Protein-Rallye — AlphaFold DB erkunden

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Bevorstehend

5 verschiedene Proteine in der AlphaFold DB finden, visualisieren und vergleichen.

Ziele dieses Moduls
  • Die SuS können die AlphaFold DB und den AlphaFold Server aktiv nutzen, um Proteinstrukturen zu suchen und eigene Vorhersagen zu machen.
    K3
attachment Materialien
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    AB3 — Protein-Rallye

    Material fĂĽr L3: Protein-Rallye. Siehe AB3_Protein-Rallye.md im Material-Ordner.

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AlphaFoldpLDDT

Die AlphaFold DB enthält über 200 Millionen Proteinstrukturen. In dieser Rallye suchst du 5 verschiedene Proteintypen (Enzym, Antikörper, Membranprotein, Toxin, Strukturprotein), betrachtest ihre 3D-Strukturen und vergleichst die Confidence-Scores.

Protein-Rallye — AlphaFold DB erkunden

Die AlphaFold DB (alphafold.ebi.ac.uk) enthält über 200 Millionen vorhergesagte Proteinstrukturen — frei zugänglich für alle.

In dieser Rallye suchst du 5 verschiedene Proteintypen und vergleichst ihre Strukturen und Confidence-Scores.

5 Proteine finden

#ProteinOrganismusUniProt-IDTyp
1LysozymGallus gallus (Huhn)P00698Enzym
2IgG heavy chainHomo sapiensP01857Antikörper
3RhodopsinHomo sapiensP08100Membranprotein
4CobrotoxinNaja atra (Kobra)P24779Toxin
5KeratinHomo sapiensP35908Strukturprotein

Note

3D-Viewer bedienen

In der AlphaFold DB ist der Mol* Viewer eingebettet:

  • Drehen: Maus ziehen
  • Zoomen: Mausrad
  • Farben: Blau = hohe Confidence, Rot = niedrige Confidence
  • Darstellung: «Cartoon» zeigt Sekundärstrukturen, «Ball & Stick» zeigt Atome

Challenge

Für jedes Protein: Beschreibe die dominierenden Sekundärstrukturen (α-Helix oder β-Faltblatt). Welches Protein hat die höchste Confidence? Welches die niedrigste? Was könnte der Grund sein?

Tipp: Membranproteine (wie Rhodopsin) sind in der PDB unterrepräsentiert — könnte das die Vorhersagequalität beeinflussen?