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Eigene Vorhersage mit AlphaFold Server

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Bevorstehend

Eine eigene Aminosäuresequenz eingeben und die Proteinstruktur vorhersagen lassen.

Ziele dieses Moduls
  • Die SuS können die AlphaFold DB und den AlphaFold Server aktiv nutzen, um Proteinstrukturen zu suchen und eigene Vorhersagen zu machen.
    K3
attachment Materialien
    sticky_note_2
    AB4 — AlphaFold Server Vorhersage

    Material fĂĽr L4: Eigene Vorhersage. Siehe AB4_AlphaFold-Server-Vorhersage.md im Material-Ordner.

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AlphaFold

Auf alphafoldserver.com gibst du eine Aminosäuresequenz ein und lässt AlphaFold 3 die 3D-Struktur vorhersagen. Du analysierst das Ergebnis und interpretierst die pLDDT-Scores.

Eigene Vorhersage mit AlphaFold Server

Auf alphafoldserver.com kannst du selbst eine Aminosäuresequenz eingeben und AlphaFold 3 die Struktur vorhersagen lassen. Du brauchst einen Google-Account.

Schritt-fĂĽr-Schritt

  1. Anmelden mit Google-Account
  2. Neuen Job starten → «Predict structure»
  3. Aminosäuresequenz eingeben (FASTA-Format)
  4. Job starten und warten (Minuten bis Stunden)
  5. Ergebnis betrachten: 3D-Struktur + pLDDT-Färbung

Note

Sequenz-Optionen

Option 1 — Kleines Protein (58 AAs, schnell):
MKWVTFISLLFLFSSAYSRGVFRRDAHKSEVAHRFKDLGEENFKALVLIAFAQYLQQC

Option 2 — Hühner-Lysozym (129 AAs, ~10 min):
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL

Tipp: Option 2 kannst du nachher mit demselben Protein in der AlphaFold DB vergleichen!

Challenge

Dokumentiere dein Ergebnis: Was ist der durchschnittliche pLDDT? Wo sind Regionen mit hoher/niedriger Confidence? Beschreibe die 3D-Struktur in eigenen Worten (globulär? fibrillär? α-Helices? β-Faltblätter?).